Historie Mlýnu Perner sahá až do 15. století. Původní mlýn byl založen v roce 1420 a mezi jeho pozdější majitele patřily kromě mlynářských rodin také slavné šlechtické rody Valdštejnů, Šliků nebo Vartenbergů.
V 19. století mlýn vlastnil Michal Mácha, bratr básníka Karla Hynka Máchy.
V roce 1933 koupil mlýn Bohumil Perner, syn mlynáře v Májově u Chrudimi. S manželkou během 30. let mlýn rozšířili a zmodernizovali. Bohumilův strýc Jan Perner (1815–1845) byl vlastenec a budovatel železnice.
V roce 1992 získali mlýn ve značně opotřebeném stavu zpět v restituci synové Bohumila Pernera Bohumil a Jan. V této době měl mlýn výrobní kapacitu 80 tun/24 h. Bratři pochopili, že je potřeba mlýn modernizovat, zakoupit nové dopravní prostředky a vybavit laboratoř. Bohumil se staral o obchod a kvalitu mouky, Jan o strojírenskou technologii. Velkou pomocí byly bratrům v té době partnerské mlýny v Německu.
V roce 1995 dodala firma Prokop Pardubice novou mlecí technologii s kapacitou 120 tun/24 h.
V roce 2007 se stal většinovým vlastníkem Daniel Perner, který začal vedení společnosti přebírat po svém otci již ke konci devadesátých let. Dnes tak úspěšně pokračuje v rodinné tradici a úročí své zkušenosti získané ve mlýnech ve Švýcarsku, Lucembursku a Německu. Daniel Perner absolvoval Střední školu potravinářské technologie v Pardubicích a zcela propadl lásce k poctivému mlynářskému řemeslu.
V letech 2009–2012 prošel mlýn rozsáhlou modernizací, díky které se stal nejmodernějším českým mlýnem s produkcí více než 150 000 tun mouky za rok, což odpovídá zhruba 14 % průmyslové výroby pšeničné mouky v ČR. Novou špičkovou technologii dodala firma Bühler ze Švýcarska.
V roce 2018 byla spuštěna zbrusu nová mlecí linka pro velmi jemné mletí celozrnných mouk od firmy Bühler, což přineslo další zásadní náskok na trhu, jelikož jemnost namletí celozrnných mouk a kapacita výroby nemá v ČR konkurenci. Poprvé ve své historii začíná Mlýn Perner dodávat na trh vlastní prémiovou mouku značky Pernerka.
Na trh je uveden nový druh mouky Pernerky: pšeničná mouka hladká extra silná s vysokým obsahem lepkových bílkovin, která je vhodná pro výrobky s delším kynutím těsta, jemuž zajišťuje pevnost a pružnost.
